Từ thời Thành Cát Tư Hãn, Mông Cổ phát triển thành Đế quốc, Khả hãn xưng danh hiệu 「Đại hãn; 大汗」, tương đương Hoàng đế, Khả đôn trong thời kỳ này cũng được xưng thành Hoàng hậu tương ứng. Chế độ Mông Cổ phân chia Cung trướng, tức Oát Nhĩ Đóa, người Khả đôn nào có địa vị cao thì sẽ ở Oát Nhĩ Đóa cao, càng về sau càng thấp, Thành Cát tư Hãn sinh thời có 4 bậc Oát Nhĩ Đóa, mỗi Oát Nhĩ Đóa đều có ít nhất 4 vị Khả đôn, vợ cả của ông là Bột Nhi Thiếp là Đệ nhất Oát Nhĩ Đóa, tức Đệ nhất vị Khả đôn.

Trong các Khả đôn Hoàng hậu thời kỳ này, có hai vị từng lâm triều xưng chế, là Chiêu Từ Hoàng hậu Thoát Liệt Ca Na cùng Khâm Thục Hoàng hậu Hải Mê Thất.

• Thoát Liệt Ca Na, Nãi Mã Chân thị, xưng Nãi Mã Chân hậu (乃马真后), vợ thứ sáu của Nguyên Thái Tông Oa Khoát Đài. Xưng chế 5 năm:

• Hải Mê Thất, Oát Ngột Lập thị, xưng Hải Mê Thất hậu (海迷失后), vợ thứ ba của Nguyên Định Tông Quý Do. Xưng chế 3 năm: